Seit 392 lag der Tempel verödet und die Verschüttung und Versandung durch Schwemmboden machte besonders an der Ostseite rasche Fortschritte. Bald nach Theodosius wurde im Innenhof des Tempels eine christliche Kirche ein gebaut in Gestalt einer dreischiffigen, querschifflosen mit Emporen und polygonaler Apsis versehenen Säulenbasilika. Die Apsis lag auf den Stufen der grossen Freitreppe im Innern, die als Priesterbänke genutzt wurden. Zu ihrem Bau wurde der Naiskos des Tempels, in dem das Kultbild stand, zertrümmert und das außerhalb liegende Prophetenhaus verbaut, der Tempel selbst aber unberührt gelassen. Die alte Orakelquelle wurde zum Hagiasma der Kirche und durch eine enge Treppe mit dem Altarraum der Kirche verbunden.

Unter Justinian erhob sich der Persergefähr wegen erneut die Notwendigkeit, die Burg zu verstärken, es werden eine Wehrgangtreppe und ein überdeckter Gang zu einem außerhalb neben dem Altar des Tempels liegenden Brunnen angelegt. Im Lauf des frühen byzantinischen Mittelalters hat dann ein Erdbeben die nicht gut gebaute Kirche zerstört, während der Tempel erhalten blieb. Die Kirche wird kümmerlich als einschiffiger Saal wieder .hergestellt und im Sekos siedelt sich ein unbedeutendes Dorf an. Der Zweisäulensaal und der Zwölfsäulensaal (Prenaos) werden mit hölzernen Zwischengeschossen versehen und als Speicher für 01 und Stroh benutzt. Durch einen Brand dieses Materials im 10. Jahrhundert sind die verheerenden Zerstörungen entstanden, die man heute überall noch erkennt, ist doch der kostbare Marmor dabei zu Kalk gebrannt und vom darauffallenden Regen schnell zermürbt worden.

Wie eine Inschrift meldet, wurde das Kastell im Jahre 988 noch einmal wiederhergestellt, doch zerstört ein Erdbeben noch vor der Eroberung durch die Seldschuken diese kümmerlichen Anlagen vollständig. Nach dem Mongolen-Sturm tritt eine völlige Verödung des Platzes ein. Der italienische Reisende Cyriacus von Ancona sah 1446 den Tempel noch fast vollständig erhalten, dann zerstörte ihn ein mächtiges Erdbeben und die Trümmer bildeten einen Marmorberg, auf dem spätere Siedler ihre Häuser und eine Windmühle errichten. Aus diesem Hügel ragten nur drei stehengebliebene Säulen Arb 4.5).