Die erste archäologische Grabung fand 18 72/73 durch die Franzosen 0. Rayet und A. Thomas statt. Sie legten einen tiefen Schnitt in der Längsachse des Sekos an, um das Kultbild des Kanachos zu suchen. Ihre Grabung wurde in dieser Hinsicht eine Enttäuschung, doch gelang es ihnen immerhin, einen ziemlich genauen Plan des Tempels zu zeichnen und die gewaltigen Dimensionen des Bauwerks festzustellen.

Umfangreicher waren die Grabungen der Franzosen B. Haussoulher und E. Pontremohi in den Jahren 1895/96. Sie kauften einige Häuser über der Front des Tempels, rissen sie nieder und legten den Stufenbau und die Frontbasen frei und führten einen Schnitt an der Nordseite aus, um die stehenden Säulen in ganzer Höhe messen zu können. Haussouhlier verzweifelte schließlich an den hohen Kosten und gab die Arbeit schnell wieder auf

In dem Zustand in dem Haussoulhier die Ruine hinterlassen hatte (Abb. 5), befand sie sich noch, als auf Betreiben des Ausgräbers von Priene und Milet, Theodor Wiegand, die damals königlich Preußischen Museen zu Berlin auch die Ausgrabungen von Didyma übernahmen. Am 11. Mai 1905 wurde das deutsche Forschungswerk durch den damaligen Botschafter bei der Hohen Pforte, Freiherr Marschall von Bieberstein, eröffnet und von Th. Wiegand bis zu seinem Tode 1937 geleitet. Ihm zur Seite standen die Architekten G. Kawerau, H. Knackfuss, A.v. Gerkan und G. Niemann. Bis 1913 war die Freilegung im wesentlichen geschafft. Bis dahin wurden insgesamt 178 000 Tagwerke für die Grabungen geleistet. Es handelt sich dabei nicht um eine Ausgrabung im eigentlichen Sinne, sondern um das Abräumen und Sortieren der großen, durch die Erdbeben aufgehäuften Werkstücke. In meisterhafter Weise hat insbesondere Knackfuss nicht nur die Trümmer entwirrt und geordnet, sondern zugleich einen Teil der Sekosmauern wieder aufgebaut und aus allen formlosen und nichtssagenden Werkstücken eine starke Mauer. die heutige Umgrenzungsmauer, um den ganzen Bezirk gebaut, um eine Grenze gegen das Dorf und den Erddruck des höher liegendes Geländes zu setzen. Zugleich sicherte er brüchige Teile der suine. insbesondere die durch Feuer geschwächten Wände und Säulen des Pronaos. In den Jahren 1924/25, 1930 und 1938 wurden

Trotz dieser gründlichen und mit großen Kosten durchgeführten Arbeiten bestehen natürlich immer noch Fragen, besonders über die frühe Geschichte des Heiligtums und über die Anlagen in der weiteren Umgebung des Tempels. Das Deutsche Archäologische Institut Istanbul hat daher seit 1962 die Arbeiten wieder aufgenommen, besonders zur Frühgeschichte schon wertvolle neue Erkenntnisse erbracht und zur Klärung der Topographie die Grabungen an verschiedenen Stellen innerhalb des Dorfes angesetzt. Die Stiftung Volkswagenwerk hat die Mittel zur Verfügung gestellt, mit deren Hilfe ein neues Forschungszentrum an Stelle des alten, 1922 abgebrannten Grabungshauses errichtet werden konnte zusammen mit einem kleinen Depot-Museum für wertvolle Bruchstücke und Kleinfunde und notwendige Sicherungsarbeiten in der Ruine ausgeführt wurden.